Czy podatek VAT i zaliczka na podatek dochodowy powinny być wpłacane na indywidualny rachunek podatkowy / mikrorachunek podatkowy ?

Tak, wszystkie zobowiązania podatkowe, odprowadzane od stycznia 2020 roku powinny wpływać na indywidualny mikrorachunek podatkowy. 

W celu uzyskania numeru mikrorachunku podatkowego dotyczącego działalności należy wejść na stronę: https://www.podatki.gov.pl/generator-mikrorachunku-podatkowego/ 
Po wejściu na stronę należy wprowadzić numer NIP i kliknąć "Generuj". 

Mikrorachunek podatkowy (IRP) wpisany jest na stałe w aplikacji w zakładce Ustawienia -> Księgowość -> Dane podstawowe.